土壤有機質本身就是一個養分庫，1%的有機質含各種養分18公斤左右，同時有機質表面的各種負電荷基團是土壤保肥能力的基礎。有機質從2%降低到1.5%，土壤的保肥能力將下降14%。土壤有機質是作物生長所需要的良好土壤結構形成的重要膠結物質，并因此大大增強土壤的保水能力。有數據表明，當土壤有機質從1%增加到3%，土壤的保水能力將增加6倍。足夠的土壤養分是植物健壯的基礎，有助于植物構建強有力的病蟲害防疫體系。當一些養分低于某一水平時，植物散發出多種化合物，其中含的糖和氨基酸含量高，真菌、病菌等等就被吸引、引起病害。

菌肥能為土壤健康和農藥零增長助力，這些活的生物年生物量需要高達400~470公斤/畝，這樣的土壤具有很強的養分儲蓄能力和轉化能力，也是使各種病菌片面增多的基礎。菌肥適宜范圍廣，經濟作物類、大田作物類、果樹蔬菜類、苗木花奔、藥材等均適宜，并且用法簡單多樣，可作底肥，也可追肥。從農業的長遠、可持續發展來看，應該加強微生物菌肥的推廣和宣傳工作。